La etapa comenzó como suelen hacerlo todas las del Circuito Montañés. A poco de bajarse la bandera y darse la salida oficial a la etapa y a la prueba, empezaron los primeros saltos del pelotón. Cinco unidades lograron abrir cierto hueco respecto al gran grupo. Llegaron escapados en primer término a la meta volante de Torrelavega, donde Raúl Alarcón (CCN Valencia) pasó en primer lugar, seguido del corredor del Supermercados Froiz Rafael Rodríguez. Ambos se intercambiaron las posiciones en la cima del Alto de la Montaña, de tercera categoría y primer puerto puntuable de esta edición del Circuito Montañés Internacional.

Poco después se iba a montar la gran fuga de la jornada. Una veintena de unidades, con representación de casi todas las escuadras pero en especial del Rabobank -cuatro corredores-, logra abrir brecha respecto al pelotón. A la altura de Guarnizo llevaban unos dos minutos al grupo principal. Poco antes se había cumplido la primera hora de carrera, en la que los corredores habían cubierto 42 kilómetros.

La situación de la carrera proseguía igual en el sprint especial de Pontejos, por el que pasó primero Vicente García (Andorra), seguido de su hermano Raúl García (Andorra). Por la segunda meta volante del día, la de Somo, Raúl Alarcón (CCN Valencia) pasaba en primer lugar y mostraba su interés en luchar por esta clasificación a lo largo de todo el Circuito Montañés. La segunda plaza fue para Angel Vallejo (Andorra) y la tercera para el belga del Rabobank Bart Aernouts, un experto en ciclocross y al que algunas voces apuntan como uno de los favoritos al triunfo final en la carrera.

El grupo de fugados proseguía con su escapada en la segunda dificultad montañosa del día, el Alto de Ajo (tercera categoría). Por su cima pasaba en primer lugar el italiano del Carmiooro Fabio Terrenzio, seguido de Rafael Rodríguez (Supermercados Froiz) y de Jonathan Castroviejo (Orbea).

Tanto el grupo de escapados como el pelotón seguía pedaleando a buena velocidad, y tras dos horas de carrera la media era de 43 kilómetros por hora. Por Santoña, el gran grupo, comandado principalmente por los corredores del Caja Rural intentaba echar abajo la fuga de ese minipelotón, y su fruto daba trabajo, porque la diferencia en ese momento era de un minuto y 40 segundos.

Los 22 hicieron camino y la fuga se convirtió en la escapada buena del día. A Maliaño llegaron con diferencia suficiente para que del grupo de escapados, saliese el vencedor. El francés del Besson Chaussures Yannick Talabardon lo intentó en los dos últimos kilómetros, pero el grupo lo absorbió. Al final, el trabajo de los Rabobank -iban cuatro unidades en ese minipelotón- dio sus frutos y Michel Kreder se impuso en la línea de meta, convirtiéndose en el primer líder del Circuito Montañés 2009.