La UC cuenta en sus departamentos de Humanidades con grupos de intensa actividad científica, que imparten cuatro programas de doctorado reconocidos con menciones de calidad. Aquellos vinculados con el patrimonio arqueológico son el origen del Instituto Internacional de Investigaciones Prehistóricas de Cantabria, creado en 2003 por la UC, el Gobierno regional, el Banco Santander y la Fundación Marcelino Botín y posteriormente asociado al CSIC.
Cuenta con un Comité Asesor Internacional y se especializa en arte prehistórico, paleolítico del Sudoeste de Europa, origen y desarrollo de las sociedades campesinas y tecnología prehistórica.
