Diversos elementos decorativos interiores y parámetros exteriores del Seminario Mayor de la Pontificia de Comillas, además de la portalada de acceso a la finca deben preservarse en su totalidad en el anteproyecto de rehabilitación de este edificio que el Campus Comillas ha puesto en marcha. Entre estos «elementos esenciales» que han de «respetarse» en los anteproyectos destacan las áreas antiguamente destinadas al hall principal, la escalera, el paraninfo, la capilla de San Antonio, la sacristía, la iglesia pública y el pórtico norte.