Las competencias que asume el Ministerio de Medio sobre el Parque Natural de las Marismas de Santoña, Victoria y Joyel, se transferirán de forma oficial a la Consejería de Ganadería, Agricultura y Pesca el 1 de enero de 2007. De esta manera, se cumple la sentencia del Tribunal Constitucional del año 1998 que anuló la figura de Reserva Natural para este paraje e impuso que las competencias debían depender de la Comunidad Autónoma.