El recurso planteado por la asociación ecologista Arca contra el concurso eólico es el principal escollo para su desarrollo. Una segunda denuncia ante los tribunales, la planteada por el Ayuntamiento de Liérganes (antes del PP y desde mayo del PSOE) ha sido retirada. Hay otros recursos de tipo administrativo de empresas disconformes con la resolución del concurso, como la planteada por Gamesa, que quedó excluida de la adjudicación.
ARCA formuló su recurso en marzo de 2010 ante la Sala de lo Contencioso Administrativo del Tribunal Superior de Justicia de Cantabria (TSJC). La asociación basa su protesta en la colisión con el Plenercan vigente, que establece que la potencia eólica a instalar en Cantabria es de 300 megavatios en tres zonas, mientras que el concurso eólico impugnado contempla 1.400 megavatios en siete áreas.
A ello se une un informe de los servicios jurídicos del Gobierno regional de abril de 2011 advirtiendo de que no había cobertura legal para estudiar cada proyecto hasta la aprobación del nuevo plan energético. También el Defensor del Pueblo se mostró crítico con el procedimiento seguido.
